Le pape Innocent III montrant le nouvel hôpital de Rome au duc de Bourgogne,

Comme à Byzance, c'est la volonté de mettre en acte l'enseignement de Jésus qui pousse l'Occident du haut Moyen Age à créer des lieux d'accueil pour les malades, les pauvres, les infirmes. Ces établissements fonctionnent en union avec l'Église, notamment avec l'évêque, pivot de la vie  sociale à l'époque des invasions. Les conciles qui se succèdent en France au VI^e siècle, de même que le Liber diurnus, mettent l'accent sur les devoirs d'assistance. Les évêques font construire sur leur domaine ou près de la cathédrale, à l'instar de saint Landry à Paris en 651, des hôtels-Dieu équipés pour les malades et les nécessiteux. Mais ces lieux d'hébergement ne sont pas, comme à Byzance, des structures vraiment médicalisées.

Le dépeuplement des villes, le nombre croissant des pauvres dans les campagnes, conséquence des  invasions, amènent le déplacement des hôpitaux vers les monastères. L'hospitalité chrétienne, définie dans la Règle de saint Benoît (480-547), s'accomplit à l'intérieur de la clôture conventuelle. Autour de l'infirmerie (domus medicorum), sont répartis, comme à Saint-Gall à l'époque carolingienne, des cellules pour les bains et les saignées, une chambre pour les malades, une pharmacie et un jardin de plantes médicinales. Une action thérapeutique se dessine. Herbiers, manuels de pathologie, collectés ou arrangés par les moines, sont à disposition du frère-médecin.  On cherche, on traduit. L'œuvre de Bertharius (810-883), abbé du Mont-Cassin, ou de Walafrido Strabo, abbé de Reichenau, s'inscrit dans ce mouvement.

Cette médecine des monastères touche peu les hôpitaux. Mais elle fait son chemin. Des hospices, annexés aux couvents, sont confiés à un frater hospitalis. De nouveaux ordres réguliers tournés vers l'action pastorale apparaissent : communauté de Robert d'Arbrissel (1047-1117), ordre des Prémontés.

Au XII^e siècle, les villes se repeuplent. Laïcs et religieux forment des congrégations et fondent des hôpitaux. L'Église, par les conciles de Paris (1212), de Rouen (1214), du Latran (1215), tente d'améliorer l'organisation hospitalière. Face au foisonnement des sociétés d'assistance, elle impose une règle commune. Cette règle, tirée de saint Augustin, inspire celle des ordres hospitaliers.

Ces ordres sont liés, à l'origine, au voyage en Terre-sainte. L'ordre de Saint-Jean de Jérusalem  reçoit ses statuts de Raymond du Puy et de Roger de Molins. Pour « messieurs les malades de l'Hôpital de Jérusalem » disent-ils, il convient que « soient loués quatre mages sages (quatre médecins), qui sachent connaître la qualité des urines et la diversité des maladies, et lors puissent administrer remède de médecines ». À la fin du XII^e siècle, l'ordre hospitalier du Saint-Esprit, fondé par Guy de Montpellier, étend son œuvre sur le Midi de la France et l'Italie. Tout est codifié : l'accueil, l'hygiène, l'équipement des lits, la surveillance des malades, la fréquence des visites, le secours spirituel. À Rome, en 1204, le pape Innocent III remet à cet ordre l'hôpital qu'il vient de faire construire : le Santo Spirito in Sassia[1]. Jacques de Vitry loue la qualité de ces établissements.

À la faveur de l'essor économique des XIII^e et XIV^e siècles, les hôpitaux urbains se multiplient, mais aussi les grandes léproseries. À la différence des hôpitaux, les hôtels-Dieu refusent les incurables: estropiés, aveugles, lépreux[2]. En Italie, à Pavie, à Milan, l'assistance se fait plus laïque, l'hôpital étant le fleuron de la cité. Cet exemple sera suivi en France et en Espagne. A Sienne, l'hôpital Santa Maria della Scala, comme l'hôpital du Saint-Esprit à Marseille, prévoient l'embauche régulière de chirurgiens, de médecins, de pharmaciens. L'idée d'une action thérapeutique et d'une plus grande indépendance à l'égard de l'Église finit par se faire jour, même si elle est modérément appliquée jusqu'au XV^e siècle.                                                                                      

[2] L'hôtel-Dieu désigne souvent l'hôpital le plus important et le plus ancien de la ville. Mais il n'y a pas de différence de fonctionnement entre hôpital et hôtel-Dieu, tous deux relèvent de l'Église et sont administrés par l'évêché, la cure, le chapitre ou une congrégation. A partir du XIII^e siècle, la croissance démographique des villes suscite des rôles particuliers. Les hôtels-Dieu, en tant que structure principale d'assistance, se consacrent plutôt aux malades jugés « curables », pour libérer des lits, tandis que les hôpitaux secondaires continuent à accueillir tous les affligés. Peu de temps après, les hôpitaux s'aligneront sur les hôtels-Dieu et les hospices abriteront les exclus.